Com 34 senadores de oposição, num total de 81, o presidente Luiz Inácio Lula da Silva não teve vida fácil na Casa nesses oito anos de governo. Mesmo assim, no seu primeiro mandato (2003-2006) conseguiu aprovar matérias complexas como a reforma da Previdência Social, proposta que já vinha sendo discutida durante o governo anterior, de Fernando Henrique Cardoso. Na ocasião, o presidente contou com votos da oposição, inclusive do então PFL, hoje Democratas.
O então ministro-chefe da Casa Civil, José Dirceu, era seu principal interlocutor com os deputados e senadores da base aliada e da oposição. Com 47 senadores governistas, o Executivo teve que negociar voto a voto para aprovar matérias que julgava prioritária uma vez que não tinha o quórum necessário de 49 parlamentares para dar-lhe tranquilidade nas votações de propostas de emenda à Constituição (PEC), por exemplo.
Por outro lado, DEM e PSDB contavam com dissidentes no PMDB, PDT e PTB, que lhes davam folga para a abertura de comissões parlamentares de inquérito (CPIs). No Senado, são necessárias 27 assinaturas para apresentar um requerido de abertura de CPI. Dessas, a que causou mais danos ao governo foi a comissão parlamentar mista dos Correios, que investigou o esquema conhecido como mensalão.
Iniciada em 2005 e encerrada em 2006, ano da campanha à reeleição de Lula, a CPMI dos Correios levantou um esquema de pagamento de propina à parlamentares para que votassem a favor de matérias de interesse do governo. O resultado foi a renúncia de José Dirceu do seu cargo, quando assumiu a Casa Civil a então ministra de Minas e Energia, Dilma Rousseff, hoje presidente eleita.
Encerrada, a CPMI pediu a Câmara a cassação de 18 deputados e requereu a Procuradoria-Geral da República o indiciamento de 40 pessoas entre parlamentares, empresários, entre outros envolvidos no esquema.
A vitória de Lula para o mandato de 2007 a 2010, contra o peessedebista e hoje governador eleito de São Paulo, Geraldo Alckmin, não resultou numa ampliação de sua base aliada no Senado, ocasião que teve um terço dos senadores renovados. Prova disso é que, em dezembro de 2007, sofreu uma das derrotas mais emblemáticas do seu segundo mandato: a extinção da Contribuição sobre a Movimentação Financeira (CPMF).
Por outro lado, a base aliada no Senado conseguiu vitórias importantes para o Executivo. Entre elas, a que mais se destacou foi a votação dos projetos de lei sobre a exploração de petróleo na camada pré-sal. Emperrados por uma acirrada disputa entre estados produtores e não produtores na repartição dos royalties do petróleo, o governo teve dificuldades em unificar os aliados para aprovar o projeto.
Outra matéria aprovada pela Câmara e ratificada no Senado foi a da Ficha Limpa. Pelo projeto, os políticos condenados por um colegiado, em primeira instância, passam a ser inelegíveis. Em caso de recurso, a decisão final que prevalecerá será a do Tribunal Superior Eleitoral (TSE). Nas eleições de 2010, foram inviabilizadas pela nova lei, por exemplo, as candidaturas de Joaquim Roriz (PSC) ao governo do Distrito Federal e a de Jader Barbalho (PMDB-PS) a uma das vagas para o Senado.
Por outro lado, nos últimos cinco anos o Senado passou por crises internas que refletiram na sua imagem perante a opinião pública. Em 2007, o então presidente, Renan Calheiros (PMDB-AL), foi acusado de ter despesas pessoais pagas por um lobista da empreiteira Mendes Júnior, crise que durou mais de cinco meses e uma série de outras denúncias. O caso resultou na abertura de processo de cassação no Conselho de Ética. Acatado pelos senadores, pela primeira vez na história da República, um presidente do Senado teve um pedido de cassação encaminhado ao plenário do Senado.
Absolvido por 40 votos no dia 9 de outubro de 2007, Calheiros renuncia à presidência da Casa quatro dias depois para evitar que novos processos em andamento no Conselho de Ética o submetessem a outras votações pela cassação do mandato, em plenário.
Em fevereiro de 2009, é a vez do presidente do Senado, José Sarney (PMDB-AP) enfrentar uma série de denúncias menos de um mês de ter tomado posse. Depois de denúncias sobre investigações da Agência Brasileira de Informações (Abin) e sobre o uso da máquina administrativa do Senado para nomeações de parentes, o senador fez um pronunciamento em plenário e afirmou entre outras coisas, que “a crise não era sua, mas do Senado” e que se arrependera de ter disputado o terceiro mandato à presidência.
Com o apoio do seu partido e vários outros, inclusive o PT, em agosto do mesmo ano o Conselho de Ética do Senado arquivou 11 representações que tramitavam no colegiado contra o parlamentar. Nesse período, José Sarney contratou a Fundação Getúlio Vargas (FGV) para que fosse dado início a uma reformulação na Casa.
Apesar de manter-se no cargo, o diretor-geral da Casa, Agaciel Maia, nomeado por José Sarney, em seu primeiro mandato na Presidência do Senado (1995-1997). Maia foi o pivô das denúncias que envolveram Sarney com nomeações para cargos na Casa sem a divulgação obrigatória nos boletins administrativos. Em outubro passado, foi eleito deputado distrital para a Câmara Legislativa do Distrito Federal.
