As faculdades poderão receber recursos para investir em moradia estudantil, alimentação, transporte, assistência à saúde, inclusão digital, cultura, esporte, creche, apoio pedagógico, acesso, participação e aprendizagem de estudantes com deficiência, transtornos globais do desenvolvimento e altas habilidades e superdotação. O dinheiro não poderá financiar bolsas aos estudantes.
Aos moldes do que acontece com as instituições federais, as que mais oferecem vagas no sistema recebem mais verba. As universidades estaduais que oferecerem até 200 vagas pelo SiSU receberão até R$ 150 mil; entre 201 e 1 mil vagas, até R$ 750 mil; acima de 1 mil vagas, até R$ 1,5 milhão. A instituição pública estadual que oferecer , na primeira edição do SiSU de cada ano, entre 50% e 80% do total de vagas anuais autorizadas em cada um de seus cursos (de acordo com as informações do cadastro e-MEC), ganhará um bônus de até 30% sobre o valor do recurso a ser repassado de acordo com as regras definidas. Por fim, as universidades que, na primeira edição do ano, colocarem no sistema mais de 80% do total de vagas anuais de cada curso poderá receber bônus de até 50% sobre o valor total repassado pelo MEC.
O ministério havia prometido, quando da criação do sistema, ajudar as instituições participantes a financiar programas de assistência estudantil, já que há uma expectativa de que haja mais mobilidade dos estudantes entre Estados com a seleção por uma prova única, o Enem. A portaria diz ainda que a assistência estudantil é uma estratégia de combate às desigualdades sociais e regionais, essencial para garantir acesso, permanência e sucesso dos estudantes no ensino superior. Com as ações, espera-se reduzir as taxas de retenção e evasão.
As instituições que respondem por processo administrativo ou possuem termo de saneamento de deficiência acordado com o MEC não poderão participar do programa. Os estudantes egressos da rede pública ou com renda familiar per capita de até um salário mínimo e meio terão prioridade de atendimento. Mas as instituições terão liberdade de definir regras próprias para conceder os benefícios.
As instituições estaduais interessadas deverão apresentar plano de trabalho para utilização dos recursos em prazo a ser fixado pelo ministério.
